大兴区心康医院始建于1985年4月，当时与驻军51107部队合作，开办大兴县精神康复住院部。
1988年9月租用地处京开黄良路口处两层楼房自办医院。
1990年12月经大兴县人民政府批复征用租用地作为医院院址。
1991年5月大兴县机构编制委员会正式批准成立了大兴县精神病医院。
1994年4月成立戒毒科，是北京市首家对外公开的自愿戒毒医疗结构。
1996年被大兴县卫生局设为“大兴县医学继续教育精神卫生基地”。
1998年4月被评为“北京市二级甲等专科医院”。
1998年6月成立农疗康复病区，设置床位10张。
1999年12月成立老年科，主要收治老年痴呆及老年精神病人为主。
2001年4月因撤县设区更名为北京市大兴区精神病医院。
2006年1月1日成立中西医结合科。
2017年1月被市卫计委定为“北京市精神科医师转岗培训基地”——临床培训基地。
2017年5月加入京津冀精神与心理健康促进联盟。
2018年8月更名为北京市大兴区心康医院。
